Gydymą sudaro trys pagrindiniai etapai:

Kanalų praėjimas. Tikslas – surasti praėjimą per visą šaknies ilgį iki jos viršūnės. Tai pats sudėtingiausias ir reikalaujantis daugiausiai laiko gydymo etapas. Kartais kanalų diametrai būna labai maži – 0,06 mm, 0,08 mm, 0,1mm. Norint surasti tokio mažo diametro kanalus, būtinas chirurginis mikroskopas. Kanalų paruošimui naudojami ultragarsiniai skaleriai, su kuriais įmanoma tiksliai ir preciziškai dirbti, išsaugant kiek įmanoma daugiau danties kietųjų audinių.

Kanalų chemomechaninis valymas. Tikslas – išplatinti praeitą kanalą, išsaugant danties šaknies kanalo anatomiją, paruošti vietą medikamentams bei naujai plombinei medžiagai. Šio etapo metu naudojami lankstūs nikelio titano instrumentai, padedantys pašalinti likusius nešvarumus, senas plombines medžiagas. Tačiau mechaniniai instrumentai negali patekti į visas šaknų kanalų sistemos vietas, todėl kartu naudojami ir antiseptiniai tirpalai, kurie dezinfekuoja šaknies kanalų sistemą. 

Kanalų plombavimas. Tikslas – užpildyti kanalą plombine medžiaga per visą jo ilgį. Plombavimui naudojamos termoplastinės plombinės medžiagos, kurios šildant ir kondensuojant prisitaiko prie sudėtingos kanalų anatomijos, taip kanalai hermetiškai uždaromi.

Endodontinio gydymo sėkmė siekia 94 %.  Modernios šiuolaikinės technologijos, išsamios žinios padeda įveikti ir sudėtingas situacijas – praeiti lenktus, užkalkėjusius kanalus, pašalinti lūžusius instrumentus ar senus įklotus.

Šiai dienai endodontinis gydymas neskausmingas, o rezultatai sėkmingi ir ilgalaikiai.